De medezeggenschapsraad (MR) bestaat uit personeel, leerlingen en ouders. De Wet Medezeggenschap op Scholen geeft medezeggenschap aan ouders, leerlingen en personeel in alle zaken die de school betreffen. Voor een aantal zaken heeft het bevoegd gezag voorafgaand officieel advies of instemming van de medezeggenschapsraad nodig. Denk hierbij aan de besteding van het budget van de school en de vaststelling van vakanties en vrije dagen. Daarnaast kan de raad ongevraagd advies geven of voorstellen aandragen.
De Medezeggenschapsraad van het Stella Maris College vertegenwoordigt gezamenlijk het belang van de school. In de raad zitten zes personeelsleden, drie ouders en drie leerlingen. De gang van zaken rondom de medezeggenschap is vastgelegd in het MR-reglement en het medezeggenschapsstatuut.
De samenstelling van de MR in het schooljaar 2022-2023 is als volgt:
